Während die Flughafengesellschaft den Flughafen betreibt und für die Infrastruktur zuständig ist, wird der Flugbetrieb von einer separaten Firma geregelt und abgewickelt. Sie ist in ihren Tätigkeiten autark, der Flughafen hat keinen Einfluss auf die Arbeit und die Entscheidungen der Flugverkehrskontrollstelle. Am BWE ist die österreichische Firma „Austro Control“ tätig. Sie untersteht in Deutschland lediglich dem Bundesaufsichtsamt für Flugsicherung (BAF).

Ein Vertreter der Flugverkehrskontrollstelle nimmt an den Sitzungen der Fluglärmschutzkommission teil, ist aber nicht stimmberechtigt.